In een moskee vinden alle drie soorten aanbidding die de islam kent, salât (de dagelijkse voorgeschreven gebeden), doea (smeekbede) en dzikr (herinnering) plaats. Hoewel ze alle drie individueel verricht kunnen worden, worden de dagelijkse verplichte gebeden in het algemeen in een congregatie in de moskee of op een andere daarvoor geschikte plek, verricht. Wanneer ergens meer dan drie moslims aanwezig zijn, bidden ze altijd samen, zelfs wanneer ze thuis of buiten in het park zijn.

De taal van de salât is Arabisch, terwijl de doea in iedere taal die een gelovige spreekt of begrijpt gedaan kan worden. dzikr bestaat uit het hardop of in stilte reciteren van korte Arabische zinnen van lofprijzing, dankzegging en verheerlijking van Allah. Ook worden bij dzikr de namen van Allah als in een mantra, vele malen herhaald, terwijl men zich ondertussen bewust blijft van Allah.

Tijdens een gebedsdienst vormt de congregatie gesloten rijen achter een persoon die zich voor de tijd van het gebed imam mag noemen. Iedereen in de congregatie, inclusief de imam, staat richting de qibla, wat de richting van de Kaba in Mekka is, die door een kleine nis (mihrab) in de muur van de moskee wordt aangegeven. De rijen zijn dicht doordat iedereen schouder aan schouder staat, waarbij de schouders van de ene persoon, die van degene naast zich raken. Profeet Mohammed, vrede zij met hem heeft gezegd: “Zorg ervoor dat jullie schouders elkaar raken, zodat de duivel niet tussen jullie door loopt.” Hij bedoelt hier de duivel van trots, sociale status, welvaart en elke gedachte van raciale superioriteit, waarmee de eenheid van de mensheid, in de islam wordt gedemonstreerd. Afhankelijk van hun leeftijd worden kinderen onder de congregatie verspreid of naast hun eigen familieleden geplaatst.

Vanwege de fysieke nabijheid en het prosterneren (geknield vooroverbuigen waarbij het voorhoofd de grond raakt), stellen de vrouwen zich, zuiver voor hun eigen gemak en om ervoor te zorgen dat iedereen zich in spiritueel opzicht, optimaal kan concentreren, gewoonlijk achter de mannen op. In sommige moskeeën zijn er aparte balkonruimtes voor vrouwen gereserveerd of is de ruimte in tweeën gesplitst om mannen en vrouwen een eigen bidruimte te bieden. Hoewel dit gewoonlijk gedaan wordt om mannen en vrouwen meer ruimte te geven en zich op hun gemak te laten voelen, bestonden dergelijke gebruiken in de tijd van de Profeet, vrede zij met hem, niet. Door het grote aantal mensen en de cirkelvormige rijen, is de normale rangschikking in de Heilige Moskee in Mekka vlakbij de Kaba overigens niet mogelijk. Daardoor bidden vrouwen en mannen in gemengde rijen. Dit gezegd hebbende, moet worden benadrukt dat het doel van het gebed in de moskee niet is om sociale interactie tussen vrouwen en mannen te bevorderen, maar om ieders spirituele reis om dichter tot Allah te komen, te bekrachtigen.

Iedereen die nu wellicht denkt dat het in afzonderlijke rijen bidden, vrouwen afzondert, kan het volgende verhaal verteld worden. Op vraag van de school ging men aan een groep van honderd leerlingen over de islam vertellen. Tijdens de discussie, vroeg hun leraar hen op een gegeven moment om gezamenlijk de handelingen van de salât te verrichten. Hij stelde hen echter in gemengde rijen op. Hoewel dit geen moslimkinderen waren, was duidelijk te zien dat de meisjes niet wilden dat hun schouders die van de jongens raakten en wilden zij niet prosterneren, omdat er jongens achter hen waren. Op dat moment, vroeg de uitlegger hen of het niet beter zou zijn de rijen samen te stellen zoals de moslims meestal doen. Alle meisjes waren eens met het voorstel.

Wanneer iedereen voor de salât is opgesteld, verricht de hele congregatie eensgezind de bewegingen van het gebed. Terwijl de imam de passages uit de Koran ten behoeve van de hele congregatie reciteert, herhaalt iedereen de normale zinnen die in het persoonlijke gebed herhaald worden, ook zachtjes tijdens elk gedeelte van het gebed.

Naast de dagelijkse gebeden worden er ook andere diensten aangeboden in een moskee. Alle moslimmannen moeten bij het gemeenschappelijke middaggebed op vrijdag aanwezig zijn. Voor vrouwen is dit optioneel. Voor gezinnen met kinderen zou het erg moeilijk zijn, wanneer het voor zowel mannen als vrouwen verplicht zou zijn om aanwezig te zijn. Naast het vrijdaggebed houdt de imam een vrijdagpreek. Begrafenisgebeden worden ook in de moskee verricht en vinden tegelijk met de dagelijkse gebedstijden plaats, als er een congregatie in de moskee aanwezig is. Hoewel het huwelijk in de islam geen sacrament is, wordt het meestal wel in een moskee afgesloten.

Naast de belangrijkste functie van de moskee, als plaats waar gebeden wordt, functioneert de moskee ook als gemeenschapscentrum voor onderwijs, liefdadigheid en sociale diensten.